A következő néhány évben Mechnert leginkább a tanulás kötötte le. 1985-ben szerezte meg diplomáját a híres Yale Egyetemen. Ezután rögtön nekilátott a munkának a Broderbundnál, és elkezdett egy új játék forgatókönyvén dolgozni, mely az "1001 éjszaka meséi" című könyv történetein alapult.

Ebben az időszakban Corey Kosak programozóval dolgozott együtt egy padlásszoba méretű helyiségben. Miután tőle kapott néhány tanácsot, valamint ötleteket merített az Ed Hobb által fejlesztett Castles of Doctor Creep című játékból, nekilátott a Prince of Persia fejlesztésének, mely végül 4 évig tartott.

A Prince of Persia nyitóképe

A munkálatok során nagy segítségére volt öccse, aki többek közt a játék zenéjének komponálásában is közreműködött. De egy alkalommal például Jordan felvette videóra, amint a testvére éppen egy autóparkolóban futkározik, majd később ez alapján készült el a főszereplő mozgása.

Az 1989-ben Apple II platformra kiadott játék története szerint az általunk alakított herceg beleszeret a szultán gyönyörű lányába. Azonban a dolgok rosszra fordulnak, amikor feltűnik a színen Jaffar, és a föld alatti börtönbe száműzeti főhősünket. Ezután a gonosz varázsló választás elé állítja szívünk hölgyét, akinek egy órája van a döntésre: vagy hozzámegy feleségül hozzá, vagy pedig meghal. Így ránk hárul a feladat, hogy átverekedve magunkat az őrök egész hadán, megmentsük a hercegnő életét.

Először a börtön őreit kellett jobb belátásra bírnunk

A Prince of Persia a megjelenést követő években számtalan díjat zsebelt be, valamint 6 nyelvre fordították le a szövegeit. A szaksajtó olyan jelzőkkel illette, mint "korszakalkotó", "hihetetlen", "ámulatba ejtő". A sikeres Apple II verziót követte a PC-s kiadás, mely még nagyobb sikert aratott, és a játéktörténelem egyik legmeghatározóbb darabja lett. Később a lelkes rajongóknak köszönhetően a mai napig több mint 20 féle változat látott napvilágot a játékból.